ゲノム編集は下記の条件を満たした対象にしか実施できないため、物理的にゲノム編集を適用できないケースが大多数です。ゲノム編集の実施条件：①ゲノム配列情報やターゲット遺伝子が判明済みで②形質転換系が確立されていること。
一方で、中性子線育種は「汎用性」が非常に高いことが特長で、植物や微生物、倍数体などのあらゆる対象に利用できることから、実施ハードルが低いです。
その他、中性子線育種を採用されるケースとして、主に下記がございます。

中性子線育種が選択されるケース：

【ターゲット遺伝子が不明（＝ゲノム編集不可）】
ゲノム編集の実施条件を満たせないことから、中性子線育種を実施されるケースは多いです。

【法規制を避けたい】
ゲノム編集により開発された食材等は安全性についての審査や認可、表示の義務等の法規制があるため、特に消費者イメージに敏感な食品関連企業様は、中性子線育種を選択されるケースが多いです。中性子線育種は安全性が確立された技術のため、審査や認可、表示の義務等の法規制もなく商品化できます。中性子線育種の安全性については、「安全性・汎用性」をご覧ください。

【対象が微生物である】
自然界に存在する微生物の約99%は、未培養、未解析（unknown；不明)と言われ、ターゲット遺伝子の多くが未解明です。さらに溶液中に存在するため個体単位での操作が難しく、ゲノム編集だけでなく重イオン線、紫外線、EMSなど他技術においても育種効率が低い傾向になります。そのため高い透過性と生理的影響の制御が可能な、中性子線育種が微生物育種において有効な手段の一つとなります。詳しくは、「中性子線による微生物育種の利点」をご覧ください。

【開発を急ぎたい】
ゲノム編集は開発から商品化まで約5年かかるため、気候変動下で市場ニーズが急速に移り変わるような商品の場合、より短期間での開発が可能な中性子線育種を選択されるケースがございます。詳しくは、「植物は最短１年、微生物は最短 1 週間で新系統創出」をご覧ください

【開発の狙いが、“宝探し（未知の有用形質の発見）”】
ゲノム編集を含め判明している遺伝子で出来ることはやり尽くしたけれど思うような成果が出ないケースなどで、中性子線育種により未知の有用形質を発掘（獲得）した方が効率的だというお声もよくいただきます。ゲノム編集は特定の遺伝子を狙い撃ちで改変する場合に優れた技術である一方で、中性子線育種は「ランダム変異^※7」に優れており、突然変異率も1〜39％^※6と抜群に高いため、未知の優れた有用形質を、“偶然”獲得できる可能性が高いです。まるで“宝探し”のように遺伝資源を開発できるのも中性子線育種の魅力の一つです。
※7ランダム変異とは、ゲノム編集のようにDNA塩基配列の特定の遺伝子を狙ってノックアウトするのではなく、ランダムにノックアウトし誘発された突然変異のこと。 中性子線のランダム変異誘発能力は、X線、γ線、UV等と比較して非常に高いです。
※6 小菊の成長点への照射による実績値です。

【多品種少量生産】
ゲノム編集は開発コストが多額なため、多品種少量生産のケースでは費用の安価な中性子線育種を選択されるケースがございます。

【ゲノム編集/遺伝子組換え＋中性子線育種で利用したい】
ゲノム編集/遺伝子組換えで特定の機能を持つ優良株を作ったものの、量産時に別の課題が生じたなど、設計しきれない課題に対して中性子線育種によるランダム変異^※7が最適です。
※7ランダム変異とは、ゲノム編集のようにDNA塩基配列の特定の遺伝子を狙ってノックアウトするのではなく、ランダムにノックアウトし誘発された突然変異のこと。 中性子線のランダム変異誘発能力は、X線、γ線、UV等と比較して非常に高いです。

【最速で商品化したい】
ターゲット遺伝子が分かっているものに対しては、中性子線育種でノックアウト^※8すればすぐに商品化が可能なため、そのようなニーズもございます。
※8ノックアウトとは、特定の遺伝子の機能を完全に、またはほぼ完全に失わせた状態（または変異体）を指す。