まず中性子線育種の優位点として、植物や微生物の生存率を保ったままの変異導入が可能です。他技術では、照射等により一定割合の試料が死んでしまい（＝ロスが発生）、生き残った種や菌の中からどのくらい有用変異が獲得できるかになります。一方で、中性子線は細胞が死んでしまうロスを殆ど発生させず、高い発芽率や生菌率を保ったまま変異導入を行うことができるため、高効率で成果を得られます。
さらに、中性子線育種はランダム変異^※2が高頻度で起こり、その変異の内容も幅広く（多様な塩基置換、小～中規模の欠損など）、不要なDNA変異^※3も起こりにくいことが特長です。
このように中性子線育種はピンポイントで狙った箇所に変異を起こせる技術ではありませんが、短期間で量でも質でも圧倒的な成果（突然変異）を得られるため、その中に求める形質や求めた以上の優良形質が見つかる可能性が高いのです。

※2 ランダム変異とは、ゲノム編集のように特定の遺伝子を狙ってノックアウトするのではなく、全塩基配列に対してランダムに誘発された突然変異のこと。 中性子線のランダム変異誘発能力は、X線、γ線、UV等と比較して非常に高いです。
※3 不要なDNA変異とは、目的とする表現型変化に寄与せず、むしろ細胞や個体の生存・安定性・再現性を損なうようなDNA損傷や変化のこと。